Protein Folding Lab Coarse-grained Monte Carlo

서열에서 구조로,
에너지 경관을 탐색합니다.

아미노산 서열과 환경 조건이 바뀌면 접힘 경로와 최종 구조는 어떻게 달라질까요? 축약된 사슬 모델을 직접 움직여 보며 자유에너지 최소화, 소수성 붕괴와 열적 요동을 관찰합니다.

모델의 범위 실제 AlphaFold 추론이나 원자 수준 분자동역학이 아닙니다. 통계물리의 핵심 원리를 학습하기 위한 2차원 교육 모델입니다.

구조 궤적

소수성 잔기가 내부로 모이는 과정을 관찰하세요.

소수성 극성 양전하 음전하 G/P/C
총에너지
reduced unit
회전반경 Rg
compactness
비결합 접촉
r < 1.65σ
수용률
Metropolis
MC 시도
0
proposals
에너지 경로낮아지는 경향과 열적 요동을 함께 봅니다.
접촉 지도멀리 떨어진 서열 잔기가 공간에서 만나는지 봅니다.

무엇을 계산하고,
무엇을 계산하지 않는가

한 번의 이동은 Boltzmann 확률로 결정됩니다.

잔기 하나를 무작위로 이동한 뒤 에너지 변화 ΔE를 계산합니다. 에너지가 낮아지면 이동을 받아들이고, 높아지더라도 P = exp(−ΔE/T)의 확률로 수용합니다. 이 규칙이 국소 최소점 탈출과 열적 요동을 만듭니다.

Ebond연속 잔기의 결합 길이를 유지하는 조화 퍼텐셜
Ebend사슬의 급격한 굽힘에 드는 에너지
Enonbond소수성·극성·전하·시스테인 접촉의 축약 상호작용
Esolvent물·변성제·막 환경이 잔기 배치에 주는 선택 압력